Description
This pretrained pipeline is built on the top of ner_clinical model.
Live Demo Open in Colab Copy S3 URI
How to use
from sparknlp.pretrained import PretrainedPipeline
ner_pipeline = PretrainedPipeline("ner_clinical_pipeline", "pl", "clinical/models")
result = ner_pipeline.annotate("""50-letnia kobieta zgłosiła się do kliniki ortopedycznej skarżąc się na uporczywy ból, obrzęk i ograniczony zakres ruchu w prawym kolanie. Pacjentka zgłosiła historię choroby zwyrodnieniowej stawów i wcześniejszy uraz kolana. Przeprowadzono badanie kliniczne i wykonano zdjęcia rentgenowskie, które wykazały zwężenie przestrzeni stawowej, tworzenie się osteofitów i oznaki zwyrodnienia chrząstki. Aby potwierdzić diagnozę i ocenić stopień zaawansowania, zlecono rezonans magnetyczny. Rezonans magnetyczny wykazał rozległą utratę chrząstki i zmiany kostne odpowiadające zaawansowanej chorobie zwyrodnieniowej stawów. Po rozważeniu stanu pacjenta i jego preferencji, omówiono plan leczenia, który obejmował kontrolę bólu, fizjoterapię i możliwość operacji wymiany stawu.""")
import com.johnsnowlabs.nlp.pretrained.PretrainedPipeline
val ner_pipeline = PretrainedPipeline("ner_clinical_pipeline", "pl", "clinical/models")
val result = ner_pipeline.annotate("""50-letnia kobieta zgłosiła się do kliniki ortopedycznej skarżąc się na uporczywy ból, obrzęk i ograniczony zakres ruchu w prawym kolanie. Pacjentka zgłosiła historię choroby zwyrodnieniowej stawów i wcześniejszy uraz kolana. Przeprowadzono badanie kliniczne i wykonano zdjęcia rentgenowskie, które wykazały zwężenie przestrzeni stawowej, tworzenie się osteofitów i oznaki zwyrodnienia chrząstki. Aby potwierdzić diagnozę i ocenić stopień zaawansowania, zlecono rezonans magnetyczny. Rezonans magnetyczny wykazał rozległą utratę chrząstki i zmiany kostne odpowiadające zaawansowanej chorobie zwyrodnieniowej stawów. Po rozważeniu stanu pacjenta i jego preferencji, omówiono plan leczenia, który obejmował kontrolę bólu, fizjoterapię i możliwość operacji wymiany stawu.""")
Results
| | chunks | begin | end | entities |
|---:|:--------------------------------------------------------------------------|--------:|------:|:-----------|
| 0 | uporczywy ból | 71 | 83 | PROBLEM |
| 1 | obrzęk | 86 | 91 | PROBLEM |
| 2 | ograniczony zakres ruchu w prawym kolanie | 95 | 135 | PROBLEM |
| 3 | choroby zwyrodnieniowej stawów | 166 | 195 | PROBLEM |
| 4 | wcześniejszy uraz kolana | 199 | 222 | PROBLEM |
| 5 | badanie kliniczne | 240 | 256 | TEST |
| 6 | zdjęcia rentgenowskie | 269 | 289 | TEST |
| 7 | zwężenie przestrzeni stawowej | 307 | 335 | PROBLEM |
| 8 | tworzenie się osteofitów | 338 | 361 | PROBLEM |
| 9 | oznaki zwyrodnienia chrząstki | 365 | 393 | PROBLEM |
| 10 | rezonans magnetyczny | 461 | 480 | TEST |
| 11 | Rezonans magnetyczny | 483 | 502 | TEST |
| 12 | zmiany kostne odpowiadające zaawansowanej chorobie zwyrodnieniowej stawów | 540 | 612 | PROBLEM |
| 13 | fizjoterapię | 719 | 730 | TREATMENT |
| 14 | operacji wymiany stawu | 744 | 765 | TREATMENT |
Model Information
| Model Name: | ner_clinical_pipeline |
| Type: | pipeline |
| Compatibility: | Healthcare NLP 5.0.2+ |
| License: | Licensed |
| Edition: | Official |
| Language: | pl |
| Size: | 1.2 GB |
Included Models
- DocumentAssembler
- SentenceDetectorDLModel
- TokenizerModel
- WordEmbeddingsModel
- MedicalNerModel
- NerConverterInternalModel