Clinical Deidentification (Italian)

Description

This pipeline can be used to deidentify PHI information from medical texts in Italian. The pipeline can mask and obfuscate the following entities: MEDICALRECORD, ORGANIZATION, PROFESSION, DOCTOR, USERNAME, URL, CITY, DATE, SEX, PATIENT, SSN, COUNTRY, ZIP, STREET, PHONE, HOSPITAL, EMAIL, IDNUM, AGE, E-MAIL, ID, ACCOUNT, PLATE, IPADDR

Predicted Entities

MEDICALRECORD, ORGANIZATION, PROFESSION, DOCTOR, USERNAME, URL, CITY, DATE, SEX, PATIENT, SSN, COUNTRY, ZIP, STREET, PHONE, HOSPITAL, EMAIL, IDNUM, AGE, E-MAIL, ID, ACCOUNT, PLATE, IPADDR

Copy S3 URI

Available as Private API Endpoint

How to use

from sparknlp.pretrained import PretrainedPipeline

deid_pipeline = PretrainedPipeline("clinical_deidentification", "it", "clinical/models")

sample = """RAPPORTO DI RICOVERO
NOME: Lodovico Fibonacci
CODICE FISCALE: MVANSK92F09W408A
INDIRIZZO: Viale Burcardo 7
CITTÀ : Napoli
CODICE POSTALE: 80139
DATA DI NASCITA: 03/03/1946
ETÀ: 70 anni 
SESSO: M
EMAIL: lpizzo@tim.it
DATA DI AMMISSIONE: 12/12/2016
DOTTORE: Eva Viviani
RAPPORTO CLINICO: 70 anni, pensionato, senza allergie farmacologiche note, che presenta la seguente storia: ex incidente sul lavoro con fratture vertebrali e costali; operato per la malattia di Dupuytren alla mano destra e un bypass ileo-femorale sinistro; diabete di tipo II, ipercolesterolemia e iperuricemia; alcolismo attivo, fuma 20 sigarette/giorno.
È stato indirizzato a noi perché ha presentato un'ematuria macroscopica post-evacuazione in un'occasione e una microematuria persistente in seguito, con un'evacuazione normale.
L'esame fisico ha mostrato buone condizioni generali, con addome e genitali normali; l'esame digitale rettale era coerente con un adenoma prostatico di grado I/IV.
L'analisi delle urine ha mostrato 4 globuli rossi/campo e 0-5 leucociti/campo; il resto del sedimento era normale.
L'emocromo è normale; la biochimica ha mostrato una glicemia di 169 mg/dl e trigliceridi 456 mg/dl; la funzione epatica e renale sono normali. PSA di 1,16 ng/ml.

INDIRIZZATO A: Dott. Bruno Ferrabosco - ASL Napoli 1 Centro, Dipartimento di Endocrinologia e Nutrizione - Stretto Scamarcio 320, 80138 Napoli
EMAIL: bferrabosco@poste.it"""

result = deid_pipeline.annotate(sample)
val deid_pipeline = new PretrainedPipeline("clinical_deidentification", "it", "clinical/models")

sample = "RAPPORTO DI RICOVERO
NOME: Lodovico Fibonacci
CODICE FISCALE: MVANSK92F09W408A
INDIRIZZO: Viale Burcardo 7
CITTÀ : Napoli
CODICE POSTALE: 80139
DATA DI NASCITA: 03/03/1946
ETÀ: 70 anni 
SESSO: M
EMAIL: lpizzo@tim.it
DATA DI AMMISSIONE: 12/12/2016
DOTTORE: Eva Viviani
RAPPORTO CLINICO: 70 anni, pensionato, senza allergie farmacologiche note, che presenta la seguente storia: ex incidente sul lavoro con fratture vertebrali e costali; operato per la malattia di Dupuytren alla mano destra e un bypass ileo-femorale sinistro; diabete di tipo II, ipercolesterolemia e iperuricemia; alcolismo attivo, fuma 20 sigarette/giorno.
È stato indirizzato a noi perché ha presentato un'ematuria macroscopica post-evacuazione in un'occasione e una microematuria persistente in seguito, con un'evacuazione normale.
L'esame fisico ha mostrato buone condizioni generali, con addome e genitali normali; l'esame digitale rettale era coerente con un adenoma prostatico di grado I/IV.
L'analisi delle urine ha mostrato 4 globuli rossi/campo e 0-5 leucociti/campo; il resto del sedimento era normale.
L'emocromo è normale; la biochimica ha mostrato una glicemia di 169 mg/dl e trigliceridi 456 mg/dl; la funzione epatica e renale sono normali. PSA di 1,16 ng/ml.

INDIRIZZATO A: Dott. Bruno Ferrabosco - ASL Napoli 1 Centro, Dipartimento di Endocrinologia e Nutrizione - Stretto Scamarcio 320, 80138 Napoli
EMAIL: bferrabosco@poste.it"

val result = deid_pipeline.annotate(sample)
import nlu
nlu.load("it.deid.clinical").predict("""RAPPORTO DI RICOVERO
NOME: Lodovico Fibonacci
CODICE FISCALE: MVANSK92F09W408A
INDIRIZZO: Viale Burcardo 7
CITTÀ : Napoli
CODICE POSTALE: 80139
DATA DI NASCITA: 03/03/1946
ETÀ: 70 anni 
SESSO: M
EMAIL: lpizzo@tim.it
DATA DI AMMISSIONE: 12/12/2016
DOTTORE: Eva Viviani
RAPPORTO CLINICO: 70 anni, pensionato, senza allergie farmacologiche note, che presenta la seguente storia: ex incidente sul lavoro con fratture vertebrali e costali; operato per la malattia di Dupuytren alla mano destra e un bypass ileo-femorale sinistro; diabete di tipo II, ipercolesterolemia e iperuricemia; alcolismo attivo, fuma 20 sigarette/giorno.
È stato indirizzato a noi perché ha presentato un'ematuria macroscopica post-evacuazione in un'occasione e una microematuria persistente in seguito, con un'evacuazione normale.
L'esame fisico ha mostrato buone condizioni generali, con addome e genitali normali; l'esame digitale rettale era coerente con un adenoma prostatico di grado I/IV.
L'analisi delle urine ha mostrato 4 globuli rossi/campo e 0-5 leucociti/campo; il resto del sedimento era normale.
L'emocromo è normale; la biochimica ha mostrato una glicemia di 169 mg/dl e trigliceridi 456 mg/dl; la funzione epatica e renale sono normali. PSA di 1,16 ng/ml.

INDIRIZZATO A: Dott. Bruno Ferrabosco - ASL Napoli 1 Centro, Dipartimento di Endocrinologia e Nutrizione - Stretto Scamarcio 320, 80138 Napoli
EMAIL: bferrabosco@poste.it""")

Results

Masked with entity labels
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RAPPORTO DI RICOVERO
NOME: <PATIENT>
CODICE FISCALE: <SSN>
INDIRIZZO: <STREET>
CITTÀ : <CITY>
CODICE POSTALE: <ZIP>
DATA DI NASCITA: <DATE>
ETÀ: <AGE> anni 
SESSO: <SEX>
EMAIL: <E-MAIL>
DATA DI AMMISSIONE: <DATE>
DOTTORE: <DOCTOR>
RAPPORTO CLINICO: <AGE> anni, pensionato, senza allergie farmacologiche note, che presenta la seguente storia: ex incidente sul lavoro con fratture vertebrali e costali; operato per la malattia di Dupuytren alla mano destra e un bypass ileo-femorale sinistro; diabete di tipo II, ipercolesterolemia e iperuricemia; alcolismo attivo, fuma 20 sigarette/giorno.
È stato indirizzato a noi perché ha presentato un'ematuria macroscopica post-evacuazione in un'occasione e una microematuria persistente in seguito, con un'evacuazione normale.
L'esame fisico ha mostrato buone condizioni generali, con addome e genitali normali; l'esame digitale rettale era coerente con un adenoma prostatico di grado I/IV.
L'analisi delle urine ha mostrato 4 globuli rossi/campo e 0-5 leucociti/campo; il resto del sedimento era normale.
L'emocromo è normale; la biochimica ha mostrato una glicemia di 169 mg/dl e trigliceridi 456 mg/dl; la funzione epatica e renale sono normali.
PSA di 1,16 ng/ml.
INDIRIZZATO A: Dott.
<DOCTOR> - <HOSPITAL>, Dipartimento di Endocrinologia e Nutrizione - <STREET>, <ZIP> <CITY>
EMAIL: <E-MAIL>


Masked with chars
------------------------------
RAPPORTO DI RICOVERO
NOME: [****************]
CODICE FISCALE: [**************]
INDIRIZZO: [**************]
CITTÀ : [****]
CODICE POSTALE: [***]DATA DI NASCITA: [********]
ETÀ: **anni 
SESSO: *
EMAIL: [***********]
DATA DI AMMISSIONE: [********]
DOTTORE: [*********]
RAPPORTO CLINICO: **anni, pensionato, senza allergie farmacologiche note, che presenta la seguente storia: ex incidente sul lavoro con fratture vertebrali e costali; operato per la malattia di Dupuytren alla mano destra e un bypass ileo-femorale sinistro; diabete di tipo II, ipercolesterolemia e iperuricemia; alcolismo attivo, fuma 20 sigarette/giorno.
È stato indirizzato a noi perché ha presentato un'ematuria macroscopica post-evacuazione in un'occasione e una microematuria persistente in seguito, con un'evacuazione normale.
L'esame fisico ha mostrato buone condizioni generali, con addome e genitali normali; l'esame digitale rettale era coerente con un adenoma prostatico di grado I/IV.
L'analisi delle urine ha mostrato 4 globuli rossi/campo e 0-5 leucociti/campo; il resto del sedimento era normale.
L'emocromo è normale; la biochimica ha mostrato una glicemia di 169 mg/dl e trigliceridi 456 mg/dl; la funzione epatica e renale sono normali.
PSA di 1,16 ng/ml.
INDIRIZZATO A: Dott.
[**************] - [*****************], Dipartimento di Endocrinologia e Nutrizione - [*******************], [***] [****]
EMAIL: [******************]


Masked with fixed length chars
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RAPPORTO DI RICOVERO
NOME: ****
CODICE FISCALE: ****
INDIRIZZO: ****
CITTÀ : ****
CODICE POSTALE: ****DATA DI NASCITA: ****
ETÀ: **** anni 
SESSO: ****
EMAIL: ****
DATA DI AMMISSIONE: ****
DOTTORE: ****
RAPPORTO CLINICO: **** anni, pensionato, senza allergie farmacologiche note, che presenta la seguente storia: ex incidente sul lavoro con fratture vertebrali e costali; operato per la malattia di Dupuytren alla mano destra e un bypass ileo-femorale sinistro; diabete di tipo II, ipercolesterolemia e iperuricemia; alcolismo attivo, fuma 20 sigarette/giorno.
È stato indirizzato a noi perché ha presentato un'ematuria macroscopica post-evacuazione in un'occasione e una microematuria persistente in seguito, con un'evacuazione normale.
L'esame fisico ha mostrato buone condizioni generali, con addome e genitali normali; l'esame digitale rettale era coerente con un adenoma prostatico di grado I/IV.
L'analisi delle urine ha mostrato 4 globuli rossi/campo e 0-5 leucociti/campo; il resto del sedimento era normale.
L'emocromo è normale; la biochimica ha mostrato una glicemia di 169 mg/dl e trigliceridi 456 mg/dl; la funzione epatica e renale sono normali.
PSA di 1,16 ng/ml.
INDIRIZZATO A: Dott.
**** - ****, Dipartimento di Endocrinologia e Nutrizione - ****, **** ****
EMAIL: ****


Obfuscated
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RAPPORTO DI RICOVERO
NOME: Scotto-Polani
CODICE FISCALE: ECI-QLN77G15L455Y
INDIRIZZO: Viale Orlando 808
CITTÀ : Sesto Raimondo
CODICE POSTALE: 53581DATA DI NASCITA: 09/03/1946
ETÀ: 5 anni 
SESSO: U
EMAIL: HenryWatson@world.com
DATA DI AMMISSIONE: 10/01/2017
DOTTORE: Sig. Fredo Marangoni
RAPPORTO CLINICO: 5 anni, pensionato, senza allergie farmacologiche note, che presenta la seguente storia: ex incidente sul lavoro con fratture vertebrali e costali; operato per la malattia di Dupuytren alla mano destra e un bypass ileo-femorale sinistro; diabete di tipo II, ipercolesterolemia e iperuricemia; alcolismo attivo, fuma 20 sigarette/giorno.
È stato indirizzato a noi perché ha presentato un'ematuria macroscopica post-evacuazione in un'occasione e una microematuria persistente in seguito, con un'evacuazione normale.
L'esame fisico ha mostrato buone condizioni generali, con addome e genitali normali; l'esame digitale rettale era coerente con un adenoma prostatico di grado I/IV.
L'analisi delle urine ha mostrato 4 globuli rossi/campo e 0-5 leucociti/campo; il resto del sedimento era normale.
L'emocromo è normale; la biochimica ha mostrato una glicemia di 169 mg/dl e trigliceridi 456 mg/dl; la funzione epatica e renale sono normali.
PSA di 1,16 ng/ml.
INDIRIZZATO A: Dott.
Antonio Rusticucci - ASL 7 DI CARBONIA AZIENDA U.S.L. N. 7, Dipartimento di Endocrinologia e Nutrizione - Via Giorgio 0 Appartamento 26, 03461 Sesto Raimondo
EMAIL: murat.g@jsl.com

Model Information

Model Name: clinical_deidentification
Type: pipeline
Compatibility: Healthcare NLP 4.4.4+
License: Licensed
Edition: Official
Language: it
Size: 1.3 GB

Included Models

  • DocumentAssembler
  • SentenceDetectorDLModel
  • TokenizerModel
  • WordEmbeddingsModel
  • MedicalNerModel
  • NerConverter
  • ContextualParserModel
  • ContextualParserModel
  • RegexMatcherModel
  • RegexMatcherModel
  • RegexMatcherModel
  • RegexMatcherModel
  • RegexMatcherModel
  • RegexMatcherModel
  • RegexMatcherModel
  • RegexMatcherModel
  • RegexMatcherModel
  • RegexMatcherModel
  • ChunkMergeModel
  • DeIdentificationModel
  • DeIdentificationModel
  • DeIdentificationModel
  • DeIdentificationModel
  • Finisher