Pipeline to Detect Living Species

Description

This pretrained pipeline is built on the top of bert_token_classifier_ner_living_species model.

Predicted Entities

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How to use

from sparknlp.pretrained import PretrainedPipeline

pipeline = PretrainedPipeline("bert_token_classifier_ner_living_species_pipeline", "es", "clinical/models")

text = '''Lactante varón de dos años. Antecedentes familiares sin interés. Antecedentes personales: Embarazo, parto y periodo neonatal normal. En seguimiento por alergia a legumbres, diagnosticado con diez meses por reacción urticarial generalizada con lentejas y garbanzos, con dieta de exclusión a legumbres desde entonces. En ésta visita la madre describe episodios de eritema en zona maxilar derecha con afectación ocular ipsilateral que se resuelve en horas tras la administración de corticoides. Le ha ocurrido en 5-6 ocasiones, en relación con la ingesta de alimentos previamente tolerados. Exploración complementaria: Cacahuete, ac(ige)19.2 Ku.arb/l. Resultados: Ante la sospecha clínica de Síndrome de Frey, se tranquiliza a los padres, explicándoles la naturaleza del cuadro y se cita para revisión anual.'''

result = pipeline.fullAnnotate(text)
import com.johnsnowlabs.nlp.pretrained.PretrainedPipeline

val pipeline = new PretrainedPipeline("bert_token_classifier_ner_living_species_pipeline", "es", "clinical/models")

val text = "Lactante varón de dos años. Antecedentes familiares sin interés. Antecedentes personales: Embarazo, parto y periodo neonatal normal. En seguimiento por alergia a legumbres, diagnosticado con diez meses por reacción urticarial generalizada con lentejas y garbanzos, con dieta de exclusión a legumbres desde entonces. En ésta visita la madre describe episodios de eritema en zona maxilar derecha con afectación ocular ipsilateral que se resuelve en horas tras la administración de corticoides. Le ha ocurrido en 5-6 ocasiones, en relación con la ingesta de alimentos previamente tolerados. Exploración complementaria: Cacahuete, ac(ige)19.2 Ku.arb/l. Resultados: Ante la sospecha clínica de Síndrome de Frey, se tranquiliza a los padres, explicándoles la naturaleza del cuadro y se cita para revisión anual."

val result = pipeline.fullAnnotate(text)
from sparknlp.pretrained import PretrainedPipeline

pipeline = PretrainedPipeline("bert_token_classifier_ner_living_species_pipeline", "es", "clinical/models")

text = '''Lactante varón de dos años. Antecedentes familiares sin interés. Antecedentes personales: Embarazo, parto y periodo neonatal normal. En seguimiento por alergia a legumbres, diagnosticado con diez meses por reacción urticarial generalizada con lentejas y garbanzos, con dieta de exclusión a legumbres desde entonces. En ésta visita la madre describe episodios de eritema en zona maxilar derecha con afectación ocular ipsilateral que se resuelve en horas tras la administración de corticoides. Le ha ocurrido en 5-6 ocasiones, en relación con la ingesta de alimentos previamente tolerados. Exploración complementaria: Cacahuete, ac(ige)19.2 Ku.arb/l. Resultados: Ante la sospecha clínica de Síndrome de Frey, se tranquiliza a los padres, explicándoles la naturaleza del cuadro y se cita para revisión anual.'''

result = pipeline.fullAnnotate(text)

Results

|    | ner_chunk      |   begin |   end | ner_label   |   confidence |
|---:|:---------------|--------:|------:|:------------|-------------:|
|  0 | Lactante varón |       0 |    13 | HUMAN       |     0.999294 |
|  1 | familiares     |      41 |    50 | HUMAN       |     0.999974 |
|  2 | personales     |      78 |    87 | HUMAN       |     0.999983 |
|  3 | neonatal       |     116 |   123 | HUMAN       |     0.999961 |
|  4 | legumbres      |     162 |   170 | SPECIES     |     0.999973 |
|  5 | lentejas       |     243 |   250 | SPECIES     |     0.999977 |
|  6 | garbanzos      |     254 |   262 | SPECIES     |     0.99997  |
|  7 | legumbres      |     290 |   298 | SPECIES     |     0.999974 |
|  8 | madre          |     334 |   338 | HUMAN       |     0.999971 |
|  9 | Cacahuete      |     616 |   624 | SPECIES     |     0.99997  |
| 10 | padres         |     728 |   733 | HUMAN       |     0.999971 |

Model Information

Model Name: bert_token_classifier_ner_living_species_pipeline
Type: pipeline
Compatibility: Healthcare NLP 4.4.4+
License: Licensed
Edition: Official
Language: es
Size: 410.6 MB

Included Models

  • DocumentAssembler
  • SentenceDetectorDLModel
  • TokenizerModel
  • MedicalBertForTokenClassifier
  • NerConverterInternalModel