Description
This pretrained pipeline is built on the top of bert_token_classifier_ner_living_species model.
Predicted Entities
How to use
from sparknlp.pretrained import PretrainedPipeline
pipeline = PretrainedPipeline("bert_token_classifier_ner_living_species_pipeline", "pt", "clinical/models")
text = '''Uma rapariga de 16 anos com um historial pessoal de asma apresentou ao departamento de dermatologia com lesões cutâneas assintomáticas que tinham estado presentes durante 2 meses. A paciente tinha sido tratada com creme corticosteróide devido a uma suspeita inicial de eczema atópico, apesar do qual apresentava um crescimento progressivo marcado das lesões. Tinha um gato doméstico que ela nunca tinha levado ao veterinário. O exame físico revelou placas em forma de anel com uma borda periférica activa na parte superior das costas e nos aspectos laterais do pescoço e da face. Cultura local obtida por raspagem de tapete isolado Trichophyton rubrum. Com base em dados clínicos e cultura, foi estabelecido o diagnóstico de tinea incognito.'''
result = pipeline.fullAnnotate(text)
import com.johnsnowlabs.nlp.pretrained.PretrainedPipeline
val pipeline = new PretrainedPipeline("bert_token_classifier_ner_living_species_pipeline", "pt", "clinical/models")
val text = "Uma rapariga de 16 anos com um historial pessoal de asma apresentou ao departamento de dermatologia com lesões cutâneas assintomáticas que tinham estado presentes durante 2 meses. A paciente tinha sido tratada com creme corticosteróide devido a uma suspeita inicial de eczema atópico, apesar do qual apresentava um crescimento progressivo marcado das lesões. Tinha um gato doméstico que ela nunca tinha levado ao veterinário. O exame físico revelou placas em forma de anel com uma borda periférica activa na parte superior das costas e nos aspectos laterais do pescoço e da face. Cultura local obtida por raspagem de tapete isolado Trichophyton rubrum. Com base em dados clínicos e cultura, foi estabelecido o diagnóstico de tinea incognito."
val result = pipeline.fullAnnotate(text)
Results
| | ner_chunk | begin | end | ner_label | confidence |
|---:|:--------------------|--------:|------:|:------------|-------------:|
| 0 | rapariga | 4 | 11 | HUMAN | 0.999888 |
| 1 | pessoal | 41 | 47 | HUMAN | 0.99987 |
| 2 | paciente | 182 | 189 | HUMAN | 0.999731 |
| 3 | gato | 368 | 371 | SPECIES | 0.999365 |
| 4 | veterinário | 413 | 423 | HUMAN | 0.982236 |
| 5 | Trichophyton rubrum | 632 | 650 | SPECIES | 0.996602 |
Model Information
| Model Name: | bert_token_classifier_ner_living_species_pipeline |
| Type: | pipeline |
| Compatibility: | Healthcare NLP 4.4.4+ |
| License: | Licensed |
| Edition: | Official |
| Language: | pt |
| Size: | 666.0 MB |
Included Models
- DocumentAssembler
- SentenceDetectorDLModel
- TokenizerModel
- MedicalBertForTokenClassifier
- NerConverterInternalModel