Description
This pretrained pipeline is built on the top of ner_living_species model.
How to use
from sparknlp.pretrained import PretrainedPipeline
pipeline = PretrainedPipeline("ner_living_species_pipeline", "ca", "clinical/models")
text = '''Dona de 47 anys al·lèrgica al iode, fumadora social, intervinguda de varices, dues cesàries i un abscés gluti. Sense altres antecedents mèdics d'interès ni tractament habitual. Viu amb el seu marit i tres fills, treballa com a professora. En el moment de la nostra valoració en la planta de Cirurgia General, la pacient presenta TA 69/40 mm Hg, freqüència cardíaca 120 lpm, taquipnea en repòs, pal·lidesa mucocutánea, mala perfusió distal i afligeix nàusees. L'abdomen és tou, no presenta peritonismo i el dèbit del drenatge abdominal roman sense canvis. Les serologies de Coxiella burnetii, Bartonella henselae, Borrelia burgdorferi, Entamoeba histolytica, Toxoplasma gondii, citomegalovirus, virus de Epstein Barr, virus varicel·la zoster i parvovirus B19 van ser negatives. No obstant això, es va detectar test de rosa de Bengala positiu per a Brucella, el test de Coombs i les aglutinacions també van ser positives amb un títol 1/40.'''
result = pipeline.fullAnnotate(text)
import com.johnsnowlabs.nlp.pretrained.PretrainedPipeline
val pipeline = new PretrainedPipeline("ner_living_species_pipeline", "ca", "clinical/models")
val text = "Dona de 47 anys al·lèrgica al iode, fumadora social, intervinguda de varices, dues cesàries i un abscés gluti. Sense altres antecedents mèdics d'interès ni tractament habitual. Viu amb el seu marit i tres fills, treballa com a professora. En el moment de la nostra valoració en la planta de Cirurgia General, la pacient presenta TA 69/40 mm Hg, freqüència cardíaca 120 lpm, taquipnea en repòs, pal·lidesa mucocutánea, mala perfusió distal i afligeix nàusees. L'abdomen és tou, no presenta peritonismo i el dèbit del drenatge abdominal roman sense canvis. Les serologies de Coxiella burnetii, Bartonella henselae, Borrelia burgdorferi, Entamoeba histolytica, Toxoplasma gondii, citomegalovirus, virus de Epstein Barr, virus varicel·la zoster i parvovirus B19 van ser negatives. No obstant això, es va detectar test de rosa de Bengala positiu per a Brucella, el test de Coombs i les aglutinacions també van ser positives amb un títol 1/40."
val result = pipeline.fullAnnotate(text)
Results
| | ner_chunks | begin | end | ner_label | confidence |
|---:|:------------------------|--------:|------:|:------------|-------------:|
| 0 | Dona | 0 | 3 | HUMAN | 1 |
| 1 | marit | 192 | 196 | HUMAN | 0.9867 |
| 2 | fills | 205 | 209 | HUMAN | 0.9822 |
| 3 | professora | 227 | 236 | HUMAN | 0.9987 |
| 4 | pacient | 312 | 318 | HUMAN | 0.9986 |
| 5 | Coxiella burnetii | 573 | 589 | SPECIES | 0.96365 |
| 6 | Bartonella henselae | 592 | 610 | SPECIES | 0.92445 |
| 7 | Borrelia burgdorferi | 613 | 632 | SPECIES | 0.91515 |
| 8 | Entamoeba histolytica | 635 | 655 | SPECIES | 0.87195 |
| 9 | Toxoplasma gondii | 658 | 674 | SPECIES | 0.8935 |
| 10 | citomegalovirus | 677 | 691 | SPECIES | 0.9227 |
| 11 | virus de Epstein Barr | 694 | 714 | SPECIES | 0.730375 |
| 12 | virus varicel·la zoster | 717 | 739 | SPECIES | 0.778333 |
| 13 | parvovirus B19 | 743 | 756 | SPECIES | 0.9138 |
| 14 | Brucella | 847 | 854 | SPECIES | 0.9483 |
Model Information
| Model Name: | ner_living_species_pipeline |
| Type: | pipeline |
| Compatibility: | Healthcare NLP 4.3.0+ |
| License: | Licensed |
| Edition: | Official |
| Language: | ca |
| Size: | 1.2 GB |
Included Models
- DocumentAssembler
- SentenceDetectorDLModel
- TokenizerModel
- WordEmbeddingsModel
- MedicalNerModel
- NerConverterInternalModel