Description
This pretrained pipeline is built on the top of ner_living_species_bert model.
How to use
from sparknlp.pretrained import PretrainedPipeline
pipeline = PretrainedPipeline("ner_living_species_bert_pipeline", "es", "clinical/models")
text = '''Lactante varón de dos años. Antecedentes familiares sin interés. Antecedentes personales: Embarazo, parto y periodo neonatal normal. En seguimiento por alergia a legumbres, diagnosticado con diez meses por reacción urticarial generalizada con lentejas y garbanzos, con dieta de exclusión a legumbres desde entonces. En ésta visita la madre describe episodios de eritema en zona maxilar derecha con afectación ocular ipsilateral que se resuelve en horas tras la administración de corticoides. Le ha ocurrido en 5-6 ocasiones, en relación con la ingesta de alimentos previamente tolerados. Exploración complementaria: Cacahuete, ac(ige)19.2 Ku.arb/l. Resultados: Ante la sospecha clínica de Síndrome de Frey, se tranquiliza a los padres, explicándoles la naturaleza del cuadro y se cita para revisión anual.'''
result = pipeline.fullAnnotate(text)
import com.johnsnowlabs.nlp.pretrained.PretrainedPipeline
val pipeline = new PretrainedPipeline("ner_living_species_bert_pipeline", "es", "clinical/models")
val text = "Lactante varón de dos años. Antecedentes familiares sin interés. Antecedentes personales: Embarazo, parto y periodo neonatal normal. En seguimiento por alergia a legumbres, diagnosticado con diez meses por reacción urticarial generalizada con lentejas y garbanzos, con dieta de exclusión a legumbres desde entonces. En ésta visita la madre describe episodios de eritema en zona maxilar derecha con afectación ocular ipsilateral que se resuelve en horas tras la administración de corticoides. Le ha ocurrido en 5-6 ocasiones, en relación con la ingesta de alimentos previamente tolerados. Exploración complementaria: Cacahuete, ac(ige)19.2 Ku.arb/l. Resultados: Ante la sospecha clínica de Síndrome de Frey, se tranquiliza a los padres, explicándoles la naturaleza del cuadro y se cita para revisión anual."
val result = pipeline.fullAnnotate(text)
Results
| | ner_chunks | begin | end | ner_label | confidence |
|---:|:---------------|--------:|------:|:------------|-------------:|
| 0 | Lactante varón | 0 | 13 | HUMAN | 0.98915 |
| 1 | familiares | 41 | 50 | HUMAN | 1 |
| 2 | personales | 78 | 87 | HUMAN | 1 |
| 3 | neonatal | 116 | 123 | HUMAN | 0.9921 |
| 4 | legumbres | 162 | 170 | SPECIES | 0.9995 |
| 5 | lentejas | 243 | 250 | SPECIES | 1 |
| 6 | garbanzos | 254 | 262 | SPECIES | 1 |
| 7 | legumbres | 290 | 298 | SPECIES | 0.9993 |
| 8 | madre | 334 | 338 | HUMAN | 1 |
| 9 | Cacahuete | 616 | 624 | SPECIES | 1 |
| 10 | padres | 728 | 733 | HUMAN | 1 |
Model Information
| Model Name: | ner_living_species_bert_pipeline |
| Type: | pipeline |
| Compatibility: | Healthcare NLP 4.3.0+ |
| License: | Licensed |
| Edition: | Official |
| Language: | es |
| Size: | 429.3 MB |
Included Models
- DocumentAssembler
- SentenceDetectorDLModel
- TokenizerModel
- BertEmbeddings
- MedicalNerModel
- NerConverterInternalModel