Description
This pretrained pipeline is built on the top of ner_eu_clinical_case model.
How to use
from sparknlp.pretrained import PretrainedPipeline
pipeline = PretrainedPipeline("ner_eu_clinical_case_pipeline", "eu", "clinical/models")
text = "
3 urteko mutiko bat nahasmendu autistarekin unibertsitateko ospitaleko A pediatriako ospitalean. Ez du autismoaren espektroaren nahaste edo gaixotasun familiaren aurrekaririk. Mutilari komunikazio-nahaste larria diagnostikatu zioten, elkarrekintza sozialeko zailtasunak eta prozesamendu sentsorial atzeratua. Odol-analisiak normalak izan ziren (tiroidearen hormona estimulatzailea (TSH), hemoglobina, batez besteko bolumen corpuskularra (MCV) eta ferritina). Goiko endoskopiak mukosaren azpiko tumore bat ere erakutsi zuen, urdail-irteeren guztizko oztopoa eragiten zuena. Estroma gastrointestinalaren tumore baten susmoa ikusita, distaleko gastrektomia egin zen. Azterketa histopatologikoak agerian utzi zuen mukosaren azpiko zelulen ugaltzea.
"
result = pipeline.fullAnnotate(text)
import com.johnsnowlabs.nlp.pretrained.PretrainedPipeline
val pipeline = new PretrainedPipeline("ner_eu_clinical_case_pipeline", "eu", "clinical/models")
val text = "
3 urteko mutiko bat nahasmendu autistarekin unibertsitateko ospitaleko A pediatriako ospitalean. Ez du autismoaren espektroaren nahaste edo gaixotasun familiaren aurrekaririk. Mutilari komunikazio-nahaste larria diagnostikatu zioten, elkarrekintza sozialeko zailtasunak eta prozesamendu sentsorial atzeratua. Odol-analisiak normalak izan ziren (tiroidearen hormona estimulatzailea (TSH), hemoglobina, batez besteko bolumen corpuskularra (MCV) eta ferritina). Goiko endoskopiak mukosaren azpiko tumore bat ere erakutsi zuen, urdail-irteeren guztizko oztopoa eragiten zuena. Estroma gastrointestinalaren tumore baten susmoa ikusita, distaleko gastrektomia egin zen. Azterketa histopatologikoak agerian utzi zuen mukosaren azpiko zelulen ugaltzea.
"
val result = pipeline.fullAnnotate(text)
Results
| | chunks | begin | end | entities | confidence |
|---:|:-------------------------|--------:|------:|:-------------------|-------------:|
| 0 | 3 urteko mutiko bat | 1 | 19 | patient | 0.813975 |
| 1 | nahasmendu | 21 | 30 | clinical_event | 0.9848 |
| 2 | autismoaren espektroaren | 104 | 127 | clinical_condition | 0.344 |
| 3 | nahaste | 129 | 135 | clinical_event | 0.996 |
| 4 | gaixotasun | 141 | 150 | clinical_event | 0.9839 |
| 5 | familiaren | 152 | 161 | patient | 0.8834 |
| 6 | aurrekaririk | 163 | 174 | clinical_event | 0.8742 |
| 7 | Mutilari | 177 | 184 | patient | 0.9477 |
| 8 | komunikazio-nahaste | 186 | 204 | clinical_event | 0.8647 |
| 9 | diagnostikatu | 213 | 225 | clinical_event | 0.9969 |
| 10 | elkarrekintza | 235 | 247 | clinical_event | 0.9828 |
| 11 | zailtasunak | 259 | 269 | clinical_event | 0.9897 |
| 12 | prozesamendu | 275 | 286 | clinical_event | 0.9927 |
| 13 | sentsorial | 288 | 297 | clinical_condition | 0.7912 |
| 14 | Odol-analisiak | 310 | 323 | clinical_event | 0.9992 |
| 15 | normalak | 325 | 332 | units_measurements | 0.7265 |
| 16 | tiroidearen | 346 | 356 | bodypart | 0.9718 |
| 17 | hormona | 358 | 364 | clinical_event | 0.9904 |
| 18 | estimulatzailea | 366 | 380 | clinical_condition | 0.6005 |
| 19 | TSH | 383 | 385 | clinical_event | 0.9976 |
| 20 | hemoglobina | 389 | 399 | clinical_event | 0.9936 |
| 21 | bolumen | 416 | 422 | clinical_event | 0.735 |
| 22 | MCV | 439 | 441 | clinical_event | 0.9933 |
| 23 | ferritina | 448 | 456 | clinical_event | 0.4228 |
| 24 | Goiko | 460 | 464 | bodypart | 0.9564 |
| 25 | endoskopiak | 466 | 476 | clinical_event | 0.9082 |
| 26 | mukosaren azpiko | 478 | 493 | bodypart | 0.5929 |
| 27 | tumore | 495 | 500 | clinical_event | 0.998 |
| 28 | erakutsi | 510 | 517 | clinical_event | 0.9963 |
| 29 | oztopoa | 550 | 556 | clinical_event | 0.9964 |
| 30 | Estroma | 574 | 580 | clinical_event | 0.884 |
| 31 | gastrointestinalaren | 582 | 601 | clinical_condition | 0.3525 |
| 32 | tumore | 603 | 608 | clinical_event | 0.9896 |
| 33 | ikusita | 623 | 629 | clinical_event | 0.9873 |
| 34 | distaleko | 632 | 640 | bodypart | 0.7425 |
| 35 | gastrektomia | 642 | 653 | clinical_event | 0.9986 |
| 36 | Azterketa | 665 | 673 | clinical_event | 0.9517 |
| 37 | agerian | 693 | 699 | clinical_event | 0.9842 |
| 38 | utzi | 701 | 704 | clinical_event | 0.925 |
| 39 | mukosaren azpiko zelulen | 711 | 734 | bodypart | 0.754933 |
| 40 | ugaltzea | 736 | 743 | clinical_event | 0.9989 |
Model Information
| Model Name: | ner_eu_clinical_case_pipeline |
| Type: | pipeline |
| Compatibility: | Healthcare NLP 4.3.0+ |
| License: | Licensed |
| Edition: | Official |
| Language: | eu |
| Size: | 1.1 GB |
Included Models
- DocumentAssembler
- SentenceDetectorDLModel
- TokenizerModel
- WordEmbeddingsModel
- MedicalNerModel
- NerConverterInternalModel